한번 표현을 살펴볼게요. these assigned codes (which are) followed by your four-digit individual number 라는 표현으로 사실상 "배정된 코드들 여러분 개개인의 직원번호에 뒤이어 오는..이라는 뜻입니다. 

그렇기 때문에 직원번호에 이어 배정된 코드가 맞는말입니다. 

즉 followed 부터 앞의 코드를 수식하는 표현으로 ~에 의해 뒤이어 오는, 따라와 지는 코드가 맞습니다. 그렇기 때문에 followed 앞의 명사가 주체가 되어 뒤 명사에 의해 따라와진다..즉 뒤 명사 다음에 온다 라고 해석해 주는 것이 맞습니다. 

다소 헷갈리셨을 수도 있겠는데요, 이것 자체로 문제가 나오는 경우는 없으니 너무 염려마시고 찬찬히 한 번 따져보시기 바랍니다. 

사전에서 followed by가 들어간 예문들을 많이 살펴보시면 도움이 됩니다. 

감사합니다. ^^